Sau khi Chiến tranh Thái Bình Dương kết thúc, Nhật Bản bước vào một giai đoạn biến động khi GHQ, đơn vị chiếm đóng, đưa ra mệnh lệnh giải tán tất cả các tổ chức ninja. Điều này đã khiến nhiều người tin rằng ninja, những chiến binh bí ẩn và tinh tế, đã biến mất vào dĩ vãng. Tuy nhiên, thực tế lại khác. Nhiều ninja vẫn tiếp tục hoạt động bí mật, ẩn mình trong các tổ chức khác nhau trên khắp thế giới, tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ và hoạt động của mình một cách lặng lẽ và tinh tế. Trong bối cảnh này, một ninja cấp thấp thuộc tổ chức ninja NIN, Kumogakure Kuro (Yamazaki), cảm thấy buồn chán và mất động lực. Tuy nhiên, mọi thứ đã thay đổi khi Kuro bỗng được giao một nhiệm vụ quan trọng: điều tra các hoạt động của tổ chức bí ẩn Under Ninja. Đây là một tổ chức ninja bí ẩn và có tiếng, được nhiều người trong giới ninja sợ hãi và tôn trọng. Trong khi Kuro đang thực hiện nhiệm vụ của mình, một nữ sinh trung học phổ thông tên Noguchi Ayaka (Hamabe) cũng bị cuốn vào trận chiến ninja. Cô là một học sinh trung học thông thường, nhưng khi bị cuốn vào thế giới bí ẩn của ninja, Ayaka đã khám phá ra những bí mật và khả năng của mình. Cô đã trở thành một phần quan trọng trong trận chiến ninja, và đã kết hợp với Kuro để giải quyết các nhiệm vụ và hoạt động của Under Ninja. Câu chuyện này là một cuộc phiêu lưu đầy cảm xúc và hành động, khi Kuro và Ayaka phải đối mặt với nhiều thử thách và nguy hiểm. Họ đã phải sử dụng tất cả các kỹ năng và khả năng của mình để giải quyết các nhiệm vụ và hoạt động của Under Ninja, và để khám phá ra những bí mật ẩn sau tổ chức này. Đây là một cuộc phiêu lưu đầy thú vị và hấp dẫn, khi Kuro và Ayaka đã khám phá ra thế giới bí ẩn của ninja và đã trở thành một phần quan trọng trong trận chiến ninja.