Black Lagoon phần 3 tiếp tục đưa khán giả vào thế giới tội phạm đầy nguy hiểm và bất ổn của thành phố Roanapur. Trong phần này, câu chuyện xoay quanh sự kiện ông chủ bí ẩn của xã hội đen bị ám sát dũng đột ngột. Một nhân vật mới xuất hiện - cựu chiến binh khủng bố có tên Eda, một cô gái xinh đẹp nhưng cũng cực kỳ nguy hiểm. Cô tới Roanapur với nhiệm vụ chính là tìm kiếm và trừng phạt những kẻ đã ra tay chống lại ông chủ của mình. Trên thực tế, Eda không phải là một kẻ muốn gây rối mà thực chất đang trên đường tới miền Nam Mỹ để báo thù