Kể từ cái chết của người đàn ông được cho là hoàng đế độc ác nhất của Britannia một năm trước, thế giới đã được hưởng một nền hòa bình chưa từng có dưới sự lãnh đạo của Liên đoàn các quốc gia thống nhất. Tuy nhiên, sự yên bình mong manh này đã bị phá vỡ khi các chiến binh vũ trang bắt cóc thành công cựu công chúa Nunnally vi Britannia và Suzaku Kururugi, cố vấn trưởng của Black Knights, gây ra một cuộc khủng hoảng quốc tế.