Neo (Keanu Reeves) đã trở lại cuộc sống bình thường sau những sự kiện trong phần trước, nhưng anh không thể thoát khỏi cảm giác rằng có điều gì đó không đúng. Những ký ức kỳ lạ và mơ hồ về cuộc chiến chống lại máy móc vẫn còn ám ảnh anh. Một ngày nọ, Neo bắt gặp một người phụ nữ bí ẩn tên là Bugs (Jessica Henwick), người dường như biết nhiều về quá khứ của anh hơn anh tưởng. Cô dẫn dắt Neo đến một thế giới mới, nơi anh gặp lại những người bạn cũ như Morpheus (Yahya Abdul-Mateen II) và Trinity (Carrie-Anne Moss). Tuy nhiên, mọi thứ không còn như trước đây. Ma trận đã thay đổi, và Neo phải đối mặt với những thử thách mới và nguy hiểm hơn. Anh phải chiến đấu để bảo vệ những người mình yêu thương và tìm cách thoát khỏi Ma trận một lần nữa. Với sự giúp đỡ của Bugs và những người bạn cũ, Neo bắt đầu một cuộc hành trình mới để khám phá bí mật của Ma trận và tìm cách chấm dứt cuộc chiến chống lại máy móc. Nhưng liệu anh có thể thành công hay Ma trận sẽ tiếp tục kiểm soát cuộc sống của anh?