Sau khi bí mật về Witness - nhân vật chính đứng đằng sau sự kiện tận thế của Quân đội 12 con khỉ - bị phơi bày, cuộc chiến chống lại kẻ này trở nên cấp thiết hơn bao giờ hết. James Cole, cùng với những người bạn đồng hành đáng tin cậy của mình, quyết tâm ngăn chặn Witness và cứu lấy tương lai của loài người. Họ bắt đầu một cuộc phiêu lưu xuyên không gian và thời gian, đi qua nhiều kỷ nguyên khác nhau trong lịch sử. Từ những thành phố sầm uất hiện đại đến những vùng đất hoang sơ cổ xưa, họ đều sẵn sàng đối mặt với bất kỳ thử thách nào trên đường đi. Với mỗi bước chân đặt vào một thời điểm mới, nhóm của Cole phải thích nghi nhanh chóng với môi trường xung quanh và tìm ra cách thức hoạt động hiệu quả nhất. Họ gặp gỡ những nhân vật mới, xây dựng liên minh tạm thời và đôi khi phải đương đầu với những nguy hiểm tiềm ẩn mà họ chưa từng tưởng tượng trước đây. Mục tiêu cuối cùng của họ là ngăn chặn Witness, người đang cố gắng tạo ra một thực tại mới nơi mà quân đội 12 con khỉ có thể tồn tại và phát triển mạnh mẽ. Nhưng với mỗi nỗ lực nhằm thay đổi quá trình diễn biến của lịch sử, họ cũng phải đối mặt với hậu quả không lường trước được và những rủi ro khó dự đoán. Cuộc chiến giữa thiện và ác trở nên gay gắt hơn bao giờ hết, và số phận của toàn bộ vũ trụ treo lơ lửng trên dây cân bằng mong manh. Liệu rằng Cole và đồng minh của mình có đủ sức mạnh và trí tuệ để vượt qua mọi khó khăn và bảo vệ tương lai của loài người? Hay Witness sẽ thành công trong việc tạo ra một thế giới mới, nơi mà quân đội 12 con khỉ thống trị tất cả? Câu chuyện đầy kịch tích và hồi hộp này sẽ đưa khán giả vào một cuộc hành trình tuyệt vời qua không gian và thời gian, khám phá những khả năng vô hạn của con người và ý chí kiên cường trong việc đấu tranh cho một tương lai tốt đẹp hơn. Với phần 3 của "Quân đội 12 con khỉ", chúng ta sẽ được chứng kiến một cuộc phiêu lưu đầy cảm xúc, hành động và suy nghĩ sâu sắc về bản chất của thời gian và định mệnh con người.