Sau cú chốt hạ nghẹt thở của mùa đầu tiên Citadel, hi vọng Mason Kane, Nadia Sinh và Bernard Orlick được hưởng chút bình yên sau khi đánh sập mạng lưới nội gián của Tổ chức Manticore nhanh chóng tan biến. Chưa đầy 3 tháng sau sự kiện kết thúc mùa 1, ba người lại bị đẩy vào đường cùng: hàng loạt trạm an toàn cũ của Mason bị lộ, các danh tính giả Nadia bỏ bao năm công sức xây dựng bị tẩy chay trên toàn hệ thống ngân hàng, còn Bernard thì bị mất quyền truy cập vào mọi sever anh từng kiểm soát, thậm chí bị chính phủ Mỹ phát lệnh truy nã vì tội "đánh cắp tài sản quốc gia". Không chỉ có cơ quan tình báo chính thống săn đuổi họ, Manticore còn cử riêng những kẻ sát thủ chuyên nghiệp bám đuôi từ London đến Jakarta, khiến bộ ba không có một đêm ngủ trọn vẹn. Lần này âm mưu của Manticore tàn độc hơn gấp bội, đúng nghĩa là mối đe dọa toàn cầu có thể thay đổi hoàn toàn cấu trúc nhân loại. Chúng đã cải tiến công nghệ xóa trí nhớ từng được Citadel dùng để bảo vệ đặc vụ, biến nó thành vũ khí hàng loạt có thể ghi đè ký ức của hàng triệu người cùng lúc qua sóng vô tuyến và mạng internet. Một khi mạng lưới này được kích hoạt, con người sẽ bị tước đoạt quyền tự quyết về ký ức, biến thành những con rối ngoan ngoãn cho Manticore thao túng mà không hề hay biết. Không còn lựa chọn, bộ ba buộc phải gạt bỏ hết mâu thuẫn cũ tái hợp, dù ai nấy đều mang đầy vết sẹo riêng: Mason thường xuyên bị ám ảnh bởi những mảnh ký ức vỡ vụn chưa phục hồi hoàn toàn, Nadia đang lén lút tìm cách liên lạc với đứa con gái mình từng phải bỏ rơi để bảo vệ nó khỏi Manticore, còn Bernard thì không dám rời khỏi căn hầm tối tăm quá 2 giờ đồng hồ vì sợ bị định vị. Họ cũng thừa hiểu mình không thể chỉ dựa vào nhau để thắng trận chiến này. Bộ ba bắt đầu tuyển mộ một nhóm đặc vụ dị biệt nhất từng bước chân vào giới gián điệp: có cựu vận động viên leo núi chuyên nghiệp có thể trèo lên tòa nhà 50 tầng không cần dây, có nhà mật mã học từng bị tống vào trại tâm thần vì giải mã được thông điệp từ tín hiệu vô tuyến của Manticore từ năm 2003, có cả một cựu điệp viên từng là đối thủ của Nadia, giờ mang theo mối thù riêng vì gia đình cô bị chúng hại chết. Nhóm này không ai tuân theo quy tắc ngoại giao, không ai có hồ sơ sạch sẽ, nhưng chính cái "khác người" ấy lại là chìa khóa để đánh trúng vào những điểm mù mà tình báo chính thống không thể chạm tới. Hành trình ngăn chặn Manticore đưa họ đi khắp thế giới trong những nhiệm vụ xuyên quốc gia không khoảng nghỉ: từ phi vụ đột nhập vào kho dữ liệu ngầm dưới lòng đất ở Reykjavik, đến cuộc rượt đuổi bằng thuyền máy qua kênh đào Panama lúc bão lớn, rồi cuộc đấu súng giữa đám đông lễ hội Carnival ở Rio de Janeiro. Mỗi địa điểm đều được ekip quay trực tiếp tại chỗ, không dùng green screen cho các cảnh hành động chủ đạo, nên khán giả có thể cảm nhận rõ cái nóng bức của Rio, cái lạnh thấu xương của Iceland ngay trên màn ảnh. Nếu mùa 1 còn có phần tự thân vận động, thì Citadel (Phần 2) đóng vai trò cầu nối cực kỳ quan trọng để xâu chuỗi toàn bộ vũ trụ gián điệp đa quốc gia mà Amazon đang xây dựng. Những manh mối về Citadel: Diana (Ý) lấy bối cảnh Milan thập niên 80 xuất hiện dày đặc: một chiếc hộp an toàn do Diana, nữ đặc vụ Italy từng làm việc cho Citadel lưu lại năm 1987, chứa tọa độ của căn cứ ngầm của Manticore tại Địa Trung Hải, trực tiếp giải thích tại sao Manticore lại có nguồn lực lớn đến thế sau hơn 30 năm. Chưa hết, những chi tiết từ Citadel: Honey Bunny (Ấn Độ) lấy bối cảnh Bombay thập niên 90 cũng được lồng ghép tự nhiên: giai điệu bài hát ru mà Honey và Bunny từng hát cho con gái họ chính là mật khẩu cuối cùng để mở khóa hệ thống lõi của Manticore. Không còn là những cái gật đầu nhẹ nhàng cho người xem tinh mắt, mùa 2 biến hai phần ngoại truyện từ "bên lề" thành trụ cột của cốt truyện chính, khiến cả ba series hòa làm một mạng lưới gián điệp chằng chịt, đúng nghĩa một vũ trụ chia sẻ đầy đủ, không còn cảm giác cưỡng ép. Điều khiến Citadel (Phần 2) được ví là "chuẩn vị bom tấn Hollywood" không chỉ nhờ cốt truyện hoành tráng, mà còn ở cách ekip đầu tư cho hành động. Đội ngũ stunt từng làm việc cho loạt Mission: Impossible được mời về cầm trịch, nên các cảnh đánh tay đôi cận chiến không dùng những cú cắt dựng nhanh đến chóng mặt để che giấu lỗi diễn: bạn có thể nhìn rõ từng cú đấm trúng má của Nadia, từng cú gạt chân của Mason, ngay cả khi họ đang đánh nhau trên nóc tàu hỏa đang chạy với tốc độ 120km/h. Những cảnh cháy nổ cũng ưu tiên dùng pyrotechnic thật: vụ nổ tại trạm xăng ở ngoại ô Paris đầu tập 4 là dùng 200 lít xăng thực tế, chỉ dùng kỹ xảo để xóa dây điện và thêm đám đông phía sau, nên ánh lửa hắt lên mặt các diễn viên trông vô cùng chân thực. Có những phân cảnh hành động dài tới 12 phút liên tục không cắt cảnh, quay trên những cung đường đèo hiểm trở ở Nepal, khiến khán giả thót tim từ đầu đến cuối. Không lạ gì khi dân trong ngành gọi đây là mùa phim "đốt tiền không tiếc tay" nhưng đáng đến từng xu, vì mọi cảnh cháy nổ, kỹ xảo đều phục vụ trực tiếp cho cốt truyện, chứ không phải chỉ để làm cảnh diễn trai.