Gián Điệp Toàn Cầu (Phần 2) mở màn bằng không khí dồn dập ngay từ tập đầu: sau khi tưởng chừng đã đánh sập được bộ khung cốt lõi của tổ chức Manticore ở mùa trước, Nadia và Mason còn chưa kịp tìm chỗ nghỉ ngơi mà đã bị kéo thẳng vào vòng xoáy rắc rối lớn hơn gấp mấy lần. Bọn Manticore không hề tan rác như họ tưởng—thay vào đó, tàn dư của tổ chức này phân tán thành hàng chục nhóm nhỏ hoạt động ngầm, mỗi nhómgiữ một mảnh ghép của loại vũ khí sinh học từng khiến giới tình báo toàn cầu săn lùng suốt thập kỷ qua. Chưa dừng lại ở đó, một thế lực mới mang tên Aegis đột ngột nhảy ra thu gom toàn bộ công nghệ gián điệp bị rò rỉ từ đống đổ nát của Manticore, âm thầm thiết lập một mạng lưới đấu giá ngầm cho thứ vũ khí có thể hack não người, biến mọi điệp viên trên thế giới thành con rối biết đi nếu rơi vào tay kẻ xấu. Mùa này mở rộng thế giới Citadel ra khỏi cái hầm trú ẩn tối tăm ở Thụy Sĩ, đưa khán giả đến gặp gỡ hàng loạt điệp viên mới gai góc, mỗi người đều có cái lý do riêng để gia nhập cuộc chiến này. Có Kip, cựu sát thủ của Manticore chỉ nói chuyện qua mấy câu đố khó hiểu, suýt bắn chết Mason ở tập 3 chỉ vì tưởng anh là gián điệp hai mang; có Ananya, cô gái 19 tuổi từ Mumbai từng hack sạch hệ thống lương của Citadel chỉ để mua thuốc cho em gái, giờ trở thành tay chuyên gia công nghệ trẻ nhất trong đội; rồi bà Elsie, cựu quản lý của Nadia tưởng đã chết trong vụ nổ năm 2018, bỗng xuất hiện ở một cái lán trên núi cao ở Scotland, giữ mật mã duy nhất có thể mở khóa kho dữ liệu cũ của Manticore mà cả Nadia lẫn Mason đều không biết gì. Các nhiệm vụ toàn cầu cũng được đẩy lên tầm cao mới, không còn chỉ loanh quanh mấy vụ rượt đuổi xe hơi quen thuộc ở Paris hay London nữa. Tập 4 có cảnh rượt đuổi bằng thuyền máy qua khu chợ đêm nổi trên sông Chao Phraya ở Bangkok, mục tiêu là lấy lại ổ cứng chứa danh sách điệp viên ngầm của Aegis; tập 7 đưa đội đến trạm nghiên cứu băng ở Svalbard, nơi nhiệt độ xuống tận âm 40 độ, Nadia phải leo lên cột ăng-ten cao 100m trong bão tuyết để ngăn Aegis phóng vệ tinh giám sát toàn cầu; còn tập 10 thì diễn ra ở một sòng bạc ngầm dưới lòng đất ở Monte Carlo, Mason phải đánh bạc với một tỷ phú Nga dùng cả mạng sống của mình làm cược, chỉ để lấy thông tin về nơi giấu kho vũ khí sinh học. Khỏi phải nói, mùa này plot twist nhiều đến mức khán giả nếu không tập trung xem là hổng sót ngay chi tiết quan trọng. Giữa mùa bỗng lộ ra Aegis thực chất là cái vỏ bọc cho một quan chức cấp cao của Citadel, người đã bán đứng đội của Nadia từ tận mùa đầu; tập 12 tung ra cú twist sốc nhất: chị gái của Mason mà anh ta đi tìm suốt hai mùa thực ra còn sống, và chính là kẻ đứng đầu Aegis, đã cài cắm mình vào mọi kế hoạch của Citadel từ trước khi mùa 1 bắt đầu. Còn đoạn cuối mùa thì ép người xem phải chờ đợi cả năm: Manticore không hề sụp đổ, bọn chúng dựng lên cái chết giả của mình chỉ để lừa toàn bộ điệp viên phản bội lộ diện, và giờ Nadia cùng Mason đang bị bao vây trong trụ sở Citadel, không biết ai là người mình có thể tin tưởng.