Kannazuki no Miko bắt đầu ở làng Mahoroba, nơi thời gian trôi qua chậm rãi đối với cả con người và thiên nhiên. Hai học sinh từ Học viện Ototachibana danh tiếng của làng cũng có thể ngày đêm. Himeko nhút nhát và không quyết đoán, trong khi Chikane thì mạnh dạn và thanh lịch. Mặc dù vậy, họ yêu nhau và không có gì có thể xảy ra giữa họ, cho dù họ có cố gắng thế nào đi chăng nữa.