Bối cảnh của Krabat là cuộc chiến tranh ở Đức thời trung cổ. Cậu bé mồ côi Krabat lang thang đến học nghề tại chiếc cối xay trong làng Koselbruch. Cậu mau chóng nhận ra chiếc cối xay này là Trường học Ma thuật, ở đây lão thợ cả dạy thợ học việc khác về phép thuật phù thuỷ. Krabat thích học nghề ở cối xay bột và cả việc học ma thuật, quyền lực của phép thuật hút hồn cậu. Nhưng đổi lại, có điều gì đó trong cối xay làm cậu run sợ, đêm giao thừa năm đầu tiên một cậu thợ chính chết đột ngột. Những người thợ phụ khác tiếp nhận cái chết này bình thản kì lạ, lão thợ cả tìm được một người thợ khác thế vào chỗ ấy lập tức. Krabat dần dần phát hiện ra trò chơi độc ác của lão, cậu cũng là một con tốt trong bàn cờ. Mỗi dịp cuối năm sẽ có một học trò bị dâng lên “Cha đỡ đầu”... Đau xót trước cái chết của những người bạn thợ, Krabat điên cuồng rèn luyện phép phù thuỷ. Tình yêu bí mật đã tiếp thêm sức mạnh cho cậu, và cậu cũng tìm được đồng minh tin cậy trong cối xay ma quái đầy âm mưu.