Thế giới Shuffle lấy bối cảnh mười năm trong tương lai. Các vị thần, ác quỷ và con người tự do đến thăm các thế giới khác như thể đang đi du lịch nước ngoài, và sự lãng mạn tràn ngập không khí. Quỷ, Thần và Con người cùng nhau yêu nhau và tạo ra những gia đình mới, phá bỏ bức tường ngăn cách họ. Những ký ức trong quá khứ được Rin Tsuchimi viếng thăm và những sự kiện xảy ra giữa anh và Cát Tường, Nerine, Kaede, Asa và Primula.