Trong không gian rộng lớn và vô tận, câu chuyện về cuộc chiến sinh tồn của loài người bắt đầu từ sự kiện bi thảm khi hành tinh mẹ của chúng ta, Trái Đất, bị phá hủy bởi một thế lực ngoại lai hung ác được gọi là tộc người ngoài hành tinh Gauna. Sự kiện này đánh dấu khởi điểm cho một cuộc phiêu lưu đầy nguy hiểm và thử thách đối với những người còn sống sót. Sau khi chứng kiến cảnh tượng kinh hoàng đó, tàn dư của nền văn minh nhân loại buộc phải tìm kiếm nơi ẩn náu để bảo vệ bản thân khỏi sự truy sát không ngừng nghỉ của Gauna. Họ đã tạo ra các con tàu hạt giống khổng lồ, những thành phố bay tự cung cấp và có khả năng di chuyển qua vũ trụ, nhằm mục đích duy trì sự sống và hy vọng vào tương lai. Một trong những con tàu như vậy chính là Sidonia, nơi mà câu chuyện sẽ xoay quanh. Đây là một cộng đồng nhỏ nhưng kiên cường, quyết tâm đấu tranh để đảm bảo sự tồn tại của mình trong bối cảnh nguy hiểm luôn rình rập xung quanh. Người dân trên Sidonia phải liên tục thích nghi và phát triển công nghệ mới để chống lại mối đe dọa từ Gauna, cũng như giải quyết các vấn đề nội bộ nảy sinh trong quá trình sinh sống và làm việc cùng nhau trên con tàu. Câu chuyện "Sidonia no Kishi" (hay "Knight of Sidonia") tập trung vào cuộc đời của Nagate Tanikaze, một thanh niên trẻ tuổi xuất sắc và tài năng, người trở thành một phần quan trọng trong đội hình phòng thủ của Sidonia. Với kỹ năng đặc biệt và lòng dũng cảm, anh tham gia vào các trận chiến gay go chống lại quân đoàn Gauna, đồng thời khám phá những bí mật sâu xa về lịch sử của Sidonia và nguồn gốc thực sự của tộc người ngoài hành tinh hung ác này. Qua từng trang, mỗi khung hình đều thể hiện rõ nét sự căng thẳng, hồi hộp và phấn khích khi nhân vật chính và bạn bè của mình đương đầu với những thử thách khó khăn, vượt qua ranh giới giữa sự sống và cái chết. Đồng thời, họ cũng dần hiểu hơn về giá trị của tình bạn, sự tin tưởng và ý chí kiên định trong việc bảo vệ ngôi nhà cuối cùng của họ – Sidonia. "Sidonia no Kishi" không chỉ đơn thuần là một tác phẩm khoa học viễn tưởng thông thường; nó còn mang đến cho độc giả một tầm nhìn sâu sắc về bản chất của sự sống, sự hy sinh và niềm tin vào tương lai, ngay cả trong những hoàn cảnh đen tối nhất. Cuộc chiến giữa Sidonia và Gauna trở thành biểu tượng cho cuộc đấu tranh bất diệt của loài người vì quyền được sống và tự do, dù cho họ phải đối mặt với bao nhiêu khó khăn và nguy hiểm đi chăng nữa.